Karadeniz Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 04.11.1981 tarihli 2547 Sayılı YÖK Kanunun 19. Maddesi kapsamında 20.07.1982 tarihinde yayımlanan 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin 28/7 maddesi gereğince kurulmuş ve 28.03.1983 tarih ve 2809 sayılı kanun ile de kanunlaşmıştır.

Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu, Enstitü Müdürü, Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulu’nca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü Müdürü'nün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Anabilim Dalları Başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yüksek Öğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir. Fen Bilimleri Enstitüsü’nde toplam 38 anabilim dalı mevcuttur. Bunlar:

Öğrencilerinin tamamladıkları lisansüstü tezlerde daima akademik ve bilimsel mükemmeliyet, yüksek kalite arayan Enstitümüz, hızlı bir gelişme içindedir. Enstitümüzde Biotechnology Tezli Yüksek Lisans (%100 İngilizce), Marine Science and Marine Biotechnology Tezli Yüksek Lisans (%100 İngilizce) ve Endüstri Mühendisliği doktora (%30 İngilizce) programları haricindeki tüm yüksek lisans ve doktora programları tamamen (%100) Türkçe eğitim-öğretim uygulamakta olup, bu programlarda 2025-2026 Eğitim-Öğretim yılından itibaren yeni kayıtlı öğrenciler için ingilizce ders alma zorunluluğu bulunmamakta, isteğe bağlı olarak İngilizce okutulan dersler de seçilebilmektedir.