KTÜ Sürmene Deniz Bilimleri Fakültesi yönetişim modelinde, tutarlılık, şeffaflık, adalet, hesap verebilirlik ve katılımcılık ilkeleri benimsenmektedir. Bu prensipler ışığında bir organizasyon şeması geliştirilmiş ve görev tanımları yapılarak iç ve dış paydaşların erişimine sunulmuştur. Kurulların çeşitliliği, kurumsallığı ve sürekliliği sağlamak için Fakülte Kurulu ile Fakülte Yönetim Kurulu oluşturulmuştur. Yönetim süreçleri, bu kurulların kararları doğrultusunda yürütülmektedir. Akademik ve idari birimlerden alınan raporlar doğrultusunda gerekli düzenlemeler yapılmaktadır. İç ve dış paydaşların görüşleri, gerçekleştirilecek iyileştirmelerin temelini teşkil eder. Öğrenci temsilciliği mekanizması kurumumuzda aktif olarak işletilmektedir.