Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü 1996 yılında Güverte Bölümü olarak kurulmuş ve aynı yıl eğitim öğretime başlamıştır. 1998 yılından itibaren ise İngilizce hazırlık uygulamasına geçilmiştir. İngilizce hazırlık Karadeniz Teknik Üniversitesi Kanuni (Merkez) Yerleşkesi'ndeki Yabancı Diller Yüksek Okulu tarafından yürütülmektedir. Lisans derslerinin % 30'u İngilizce olarak verilmektedir. Bölümde eğitim-öğretim, denizcilik örf ve adetlerine uygun olarak yapılmakta olup, ayrıca öğrencilerin üniforma giyme zorunluluğu vardır.
Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü müfredatı STCW 78 / 2010 düzenlemeleri (Gemiadamlarının Eğitimi Belgelendirilmesi ve Vardiya Tutma Standartları) Sözleşmesi'ne göre hazırlanmıştır. Bölüm öğrencileri I. Sınıfı tamamladıklarında 6 ay süreli 15 kredilik I. Deniz Stajını, III. Sınıfın güz dönemini tamamladıklarında yine 6 ay süreli 30 kredilik II. Deniz stajını yaparlar. Böylece öğrenciler, eğitim-öğretimin ilk basamağı olan STCW 78 in A-II/1 Bölümünü tamamlamış olurlar. Bu duruma gelen öğrenciler Gemiadamları Sınavları Merkezi tarafından yürütülen Uzakyol Vardiya Zabitliği sınavına girmeyi hak kazanırlar. 7. ve 8. yarıyıllara devam edip başarıyla bitirenler STCW 78 in A-II/2 eğitimini tamamlamış olurlar. Her iki eğitim paketini tamamlamış olarak mezun olanlar gemilerde 36 ay Uzakyol Vardiya Zabiti olarak hizmet tamamlamaları durumunda, Uzakyol Birinci Zabitliği sınavına girebilirler. Uzakyol Birinci Zabitliği yeterliği ile 36 ay deniz hizmetini tamamlayanlar ise Uzakyol Kaptanlığı sınavına girmeye hak kazanırlar.
Bölümümüz ile bazı Avrupa Ülkeleri Üniversiteleri arasında 2005 yılında itibaren Erasmus-Socrates programları çerçevesinde öğrenci değişimi uygulaması yapılmaktadır.
Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü'nde; uygulama eğitimleri Trabzon'un Sürmene İlçesi'nde yer alan Muammer Dereli ve Çamburnu Yerleşkeleri'nde, teorik eğitimler ise Trabzon Merkez'deki Fakültemiz Sahil Yerleşkesi'nde verilmektedir. Sahil Yerleşkemiz; KTÜ Kanuni (Merkez) Yerleşkesi'ne ve Trabzon Havalimanı'na 10dk yürüme mesafesinde, teorik derslerin yapılabilmesi için donatılmış sınıflar ve amfi salonu bulundurmaktadır. Muammer Dereli Yerleşkesi'nde öğrenci uygulamalarına yönelik, en son teknolojiyle donatılmış simülatör sistemleri (2 Adet Köprüüstü, ARPA radar, Makine, Sıvı yük elleçleme ve GMDSS haberleşme simülatörü), seyir, denizde güvenlik, gemicilik laboratuvarları yanında, Çamburnu Yerleşkesi'nde Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümüne ait yangın eğitim ünitesi ile gemi terk sisteminden oluşan Denizde Güvenlik Eğitim Merkezi bulunmaktadır. Ayrıca Muammer Dereli Yerleşkemizde öğrencilerin barınma ihtiyacını karşılayan modern bir KYK yurt binası ve sportif faaliyetleri yerine getirebilecekleri bir kapalı spor salonu mevcuttur. Bölümdeki eğitim öğretimin IMO STCW 78 sözleşmesine uygunluğu, Denizcilik Genel Müdürlüğü Bağımsız Denetleme Kurulu tarafından onaylanmıştır. Ayrıca Bölümde, Uluslararası Derecelendirme Kuruluşu olan RINA tarafından onaylanan ISO 9001:2015 Kalite Yönetim Sistemi uygulanmaktadır. Bunun yanı sıra Uluslararası Denizcilik Üniveristeleri Birliği (IAMU)'nun da bir üyesidir.
Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü'nde lisans eğitiminin yanında, Belgelendirmeye yönelik (STCW 78, A-II/2, A-II/1, A-II/3) kursları ile tayfa ve zabitan sınıfına yönelik tüm STCW 78/95 ve ISPS (Uluslararası Gemi ve Liman Tesisleri Güvenlik Kodu) kursları verilmektedir.
Mezunlar, Denizcilik Genel Müdürlüğü, Kıyı Emniyeti Genel Müdürlüğü gibi kamu kurumlarında, Türk ve yabancı bayraklı gemilerde, liman işletmelerinde ve çeşitli faaliyetlerde bulunan denizcilik şirketlerinde çalışabilmektedir.
