Fakülteler

• Diş Hekimliği Fakültesi
• Eczacılık Fakültesi
• Edebiyat Fakültesi
• Fen Fakültesi
• İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
• Mimarlık Fakültesi
• Mühendislik Fakültesi
• Of Teknoloji Fakültesi
• Orman Fakültesi
• Sağlık Bilimleri Fakültesi
• Sürmene Deniz Bilimleri Fakültesi
• Tıp Fakültesi

Enstitüler

• Adli Bilimler Enstitüsü
• Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü
• Fen Bilimler Enstitüsü
• Karadeniz Araştırmaları Enstitüsü
• Sağlık Bilimleri Enstitüsü
• Sosyal Bilimler Enstitüsü

Yüksekokullar

• Yabancı Diller Yüksekokulu

Meslek Yüksekokulları

• Abdullah Kanca Meslek Yüksekokulu
• Araklı AliCevat Özyurt Meslek Yüksekokulu
• Arsin Meslek Yüksekokulu
• Çaykara Meslek Yüksekokulu
• Maçka Meslek Yüksekokulu
• Of Meslek Yüksekokulu
• Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
• Trabzon Meslek Yüksekokulu

Rektörlüğe Bağlı Bölümler

• Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi
• Beden Eğitimi
• Güzel Sanatlar
• Türk Dili
• Yabancı Diller

İç Denetim Birimi Başkanlığı

Farabi Hastanesi

Uygulama ve Araştırma Merkezleri

• Cerrahi Uyg. ve Araş.Mrk.
• Çevre Sorunları Uyg. ve Araş.Mrk.
• Fındık-Çay Uyg. ve Araş.Mrk.
• Heyelan Uyg. ve Araş.Mrk.
• İlaç ve Farmasötik Teknolojisi Uyg. ve Araş.Mrk.
• Kadın ve Aile Çalışmaları Uyg. ve Araş.Mrk.
• Kariyer Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Medikal Cihaz Tas. ve Üre. Uyg.ve Araş.Mrk.
• Merkezi Araştırma Laboratuvarı
• Stratejik Araştırma Merkezi
• Sürekli Eğitim Merkezi
• Teknoloji Transferi Uyg. ve Araş.Mrk.
• Türkçe Öğretimi Uyg. ve Araş.Mrk.
• Uzaktan Eğitim Uyg. ve Araş.Mrk.

Rektörlüğe Bağlı Kurul ve Komisyonlar

• Strateji Geliştirme Kurulu
• İç Kontrol Standartları Koord. Kurulu
• Master Plan Komisyonu
• Eğitim Komisyonu
• İç İzleme ve Değerlendirme Kurulu
• Kalite Komisyonu
• KTÜ Danışma Kurulu
• Bologna Eşgüdüm Komisyonu
• Uluslararasılaşma
• Sanayii İşbirliği Komisyonu
• Yayın Komisyonu
• Fikri ve Sınai Mülkiyet Hakları Komisyonu
• Ceza Soruşturma Kurulu
• Sağlık Bilimleri Etik Kurulu
• Hayvan Deneyleri Yerel Etik Kurulu
• Klinik Araştırmalar Etik Kurulu
• Fen ve Mühendislik Bilimleri Etik Kurulu
• Sosyal ve Beşeri Bilimleri Etik Kurulu
• Tıp Fakültesi Bilimsel Araştırmalar Etik Kurulu

Rektörlüğe Bağlı Birimler

• Dijital Dönüşüm Ofisi
• ÖYP Koordinasyon Birimi
• MYO Koordinatörlüğü
• YÖS Koordinatörlüğü
• Dış İlişkiler Genel Koordinatörlüğü
• Değişim Programları Koordinatörlüğü
• Uluslararasılaşma Koordinatörlüğü
• Uluslararası Öğrenci İşleri Koordinatörlüğü
• Kurumsal İletişim Koordinatörlüğü
• Kurumsal Gelişim ve Planlama Koordinatörlüğü
• Proje Üretim Merkezi
• Mezunlarla İlişkiler Koordinatörlüğü

Diğer Birimler

• Akademik Veri Yönetim Sistemi
• Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
• Bilgi Yönetim Sistemi
• Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
• Elektronik Belge Yönetim Sistemi

İdari Birimler

• Genel Sekreterlik
• Bilgi İşlem Daire Başkanlığı
• İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı
• Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı
• Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
• Personel Daire Başkanlığı
• Sağlık Kültür ve Spor Daire Başkanlığı
• Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı
• Yapı İşleri ve Teknik Daire Başkanlığı
• Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi
• Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü
• Hukuk Müşavirliği
• Sivil Savunma Uzmanlığı
• İşyeri Sağlık ve Güvenlik Birimi Koordinatörlüğü
• Sıfır Atık Yönetim Sistemi
• Basımevi Müdürlüğü
• Bilgi Edinme Birimi
• Yazı İşleri Müdürlüğü